在磷礦選礦過程中，正浮選是在堿性條件下進行的，其操作pH值一般大于9。反浮選是在酸性條件下進行的，通常pH值小于7。無論哪種浮選方法產生廢水，直接排放都會改變水體原有的pH值，阻止水體微生物的增殖，毒害水生動植物，影響水體的自凈，還可能腐蝕建筑物和船舶。另外，有機浮選材料不易降解，且停留時間長，影響較大。廢水中含有重金屬離子，造成重金屬污染。磷過量還可能導致水體富營養化和環境問題。大量懸浮物沉積，可能堵塞和腐蝕管道，影響正常生產，造成損失。由于ca2+和mg2+離子含量較高，水不僅會使水質變硬，還會使浮選泡沫變粘，降低浮選精礦指標，難以直接回用。磷礦選礦廢水的有效凈化和循環利用是一個難題。

目前，選礦廢水的處理方法主要有：雙堿法、化學混凝法、電化學法、生物法等。每種方法都有其優缺點。例如，在化學混凝法的處理過程中可能會引入其他雜質離子。電化學設備制造難度大，成本高，難以大規模應用。關于生物方法的報道很少。目前，還沒有大規模應用的例子。生物法處理選礦廢水尚不成熟，存在處理周期長、成本高等缺點。

磷一方面會引起水體富營養化，另一方面又是植物生長不可缺少的因素。目前，約80%的磷礦用于生產各種磷肥，其余用于生產黃磷和其他磷酸鹽。應用領域涉及化工、輕工等工業部門。然而，隨著磷資源的大量開發和消耗，磷的性質及其在生命中的不可替代性決定了磷資源的循環利用將成為未來可持續發展過程中亟待解決的問題。因此，污水除磷的目標是從污水處理的各個環節回收利用磷資源。